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近畿大学先端技術総合研究所の米澤康滋教授の論文が
Journal of Computational Chemistryに掲載され、表紙(カバーページ)を飾りました。

(2016年 6月23日)

近畿大学 先端技術総合研究所の米澤康滋 教授の論文が
Journal of Computational Chemistryに掲載され、
表紙(カバーページ)を飾りました。

本論文のポイント
 ● たんぱく質の機能を司る構造変化過程は創薬等などに重要
 ● この構造変化過程を分子シミュレーションで再現する新規な手法を開発
 ● この手法でヒトの生命機能に重要なたんぱく質の構造変化過程を解明

蛋白質は大変柔らかく、その運動性(構造変化)はその機能と密接に結びついています。
ところが、実験で得られる蛋白質構造には殆どの場合運動性についての情報が含まれていません。
生命機能に重要なたんぱく質の多くは機能を発揮する際に大きな構造変化をする事が知られています。

幅広い生物種に普遍的に存在する Adenylate Kinase(Adk)はそのような蛋白質の一つです。
Adkはadenine nucleotidesのリン酸化に関わる酵素でありその反応の前後で
Lidドメイン及びNMPdバインディングドメインが大きく相対位置を変えることが実験で確かめられています。
このように蛋白質の運動性は創薬等にも結びつく重要な知見です。
分子動力学シミュレーション(MD)は蛋白質のダイナミックスを研究する有用な道具として最近良く活用されていますが、
通常のMDで蛋白質の大きな構造変化を効率良く探索する事は現在の計算技術では大変困難です。

この問題を解決するために多くの理論的な試みがなされてきました。
本論文では新たな理論的手法として、蛋白質Ca原子間距離行列の差分情報を用いた蛋白質構造変化探索法を提案しました。
さらにこの手法を使ってAdkのオープン状態及びクローズ状態への構造遷移パスを
分子動力学シミュレーションで大変効率良く生成できる事を示しその有用性について詳しく解説しています。

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.v37.13/issuetoc

表紙

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米澤 康滋 教授

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